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一、普通光学显微镜
普通光学显微镜主要由以下几个部分组成，分别是照明系统，其中涉及到了光源和聚光器；光学放大系统，它是由物镜和目镜组成的，是显微镜中最关键的部分，在设计时为了避免产生过大的球差和色差，所以目镜和物镜都由复杂的透镜组构成；还有一个部分就是机械装置，主要作用就是固定显微镜和进行操作观察的。
二、激光共聚焦扫描显微镜
激光共聚焦扫描显微镜听起来仿佛特别的高大上，也很复杂，其实它就是简单的将激光作扫描光源，来对物体进行逐点、逐行、逐面的快速扫描成像。基于激光束的较短的波长，所以光束本身就很细，这决定了共焦激光扫描显微镜具有较高的分辨力，分辨力大约是普通光学显微镜的三倍。人们在观察细胞形态和对细胞内生化成分进行定量分析、光密度统计以及细胞形态的测量时会用到这种显微镜。
三、暗视野显微镜
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