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作为光学显微镜的其中一个分支，荧光显微镜被广泛应用在免疫荧光细胞化学研究中。它的光源比较特殊，是紫外线，被紫外线照射过的被检物体会呈现出荧光，从而被研究者进行观察分析。
一、区别
1、光源：普通显微镜采用的是普通的自然光，而它采用的是波长短，分辨率高的紫外线。
2、照明方式：荧光显微镜采用的是较为特殊的落射式，将光源直接投射在样品上。
3、滤光片：为了保护观察者的眼睛，荧光显微镜在目镜和物镜之间安装了可以过滤掉伤眼的紫外线的滤光片。
二、使用方法：
1、第一步首先要将灯源打开，然后预热十五分钟使之达到最亮。
2、先用低倍镜进行观察，调整装置，使光源的中心处于照明光斑的正中央，便于观察。
3、放置被观察的而物质。切忌，要在安装滤光片之后再行观察。因为紫外线会大大损害人的眼睛。
三、注意事项：
1、要严格遵照说明书的指示操作，不能跨步或随意调换更改顺序。
2、观察时要在黑暗的空间中进行。等到眼睛适应黑暗环境后，再进行观察。
3、为了避免紫外线对眼睛的伤害，调节光源时需要带上防护眼镜。
4、由于光源是有一定使用寿命的，所以一切步骤都需要节约时间，从而保护光源，让它的使用寿命最长化。
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